涉农金融机构创新动力不足。农村金融市场历经商业银行撤点、新型农村金融机构创立，目前农村金融市场主要由农村信用社、农业银行、农发行、邮储银行、新型农村金融机构以及民间金融构成。由于农村金融市场较为分散，交易成本较高，所以相关的涉农金融机构，参与农村金融产品和服务方式创新的积极性和力度相对较弱。同时县域农业发展银行、农业银行、邮政储蓄银行都属非法人机构，既无贷款审批权，也无信贷产品创新自主权。这些都严重束缚了农村金融产品创新的手脚。从农村金融市场占据垄断地位的农村信用社来看，这种一家独大的局面，又存在创新的惰性。同时，农村信用社也存在创新能力不足、思想保守等问题。
创新成果难以推广。当前农村金融产品创新主要是面向种植养殖业和农副产品收购发放贷款，金融对农村基础设施、小企业、个体工商户、消费信贷和支付清算服务等的支持力度较小，主要是很多信贷产品不能得到推广。基本上是各涉农金融各自为战，与当前农业由小农经营向现代农业转换的时代特点不相适应。在抵押物上，主要表现为贷款担保方式单一导致大量融资需求与贷款抵押担保物不足的矛盾突出，存在信贷产品要素设计与需求不相匹配的矛盾，并没有有效防范风险的组合产品。而且由于农村具有区域性特点，创新产品难以在更大的范围内推广。
受风险分担机制制约。农业作为受自然因素、市场因素影响较深的一个产业，风险特别是养殖业风险较大，农业贷款潜在风险较高。然而，目前农村贷款风险的分担机制不完善，信贷风险集聚在发放贷款的银行。风险分担机制不完善，制约了金融机构对现代农业发展长期、大额等新的资金需求支持的积极性，难以调动金融机构对农业产业化、规模养殖业、农村小企业等发放信贷的主观能动性，更制约了农村金融产品和服务创新的积极性。
配套措施支持力度不够。农村金融产品创新并不是一个独立的活动，它涉及财政、税务、工商、农林等部门的配合。在创新工作开展初期，由于运作成本高、风险大，财政补贴、税费减免、涉农贷款风险补偿等配套政策不到位，加上相关抵押、评估、变现手续复杂，费用偏高，在一定程度上束缚了农村金融创新手脚。以农机具贷款为例，由于目前尚没有完整的登记部门，也没有保险公司愿意对其承保，加之金融部门也很难对其进行有效监管，在实际贷款中，大多将其作为补充的抵押担保方式来操作。
创新是发展的重要推动力。人民银行和银监部门要加强对农村金融服务创新工作的指导，督促金融机构切实开展创新工作，及时协调解决制约创新的各种因素，调动涉农金融机构的创新积极性。金融产品和服务创新的可持续发展是需要内生于涉农金融机构的，因此在产品创新过程中，应充分发挥涉农金融机构的创新主体作用。在目前来说，应主要发挥农村信用社贴近乡镇的地缘优势，通过创新更好地发挥农村金融创新主力军的优势；引导中国邮政储蓄银行发挥网点优势，在银行卡“助农取款服务”方面的积极作用，为农民提供安全快捷的结算服务；鼓励新型农村金融机构发挥其后发优势，推动金融产品创新服务；发挥涉农国有商业银行的创新优势，利用现代大小额支付系统，切实做好农村结算、代理等金融服务工作，开发推广适合农村需求的网上银行、手机银行等服务方式，为“三农”提供便捷的金融服务。
全方位利用农村资源创新。农村有效抵押担保物不足、风险分担机制不健全，需要制定出台扩大抵押担保物范围政策，为创新工作提供法律基赐操作框架。根据当地农村地区的资产现实，创新性地把信用、保证、抵押、质押进行组合，在风险可控的前提下，推行“信用+保证”、“信用+抵押”、“保证+抵押”、“信用+保证+抵押”等组合式担保贷款模式，推行开办贸易融资、保理、应收账款质押、农业订单融资、仓储质押融资、农业退税应收款融资、担保基金融资等新型信贷品种，积极尝试粮食直补资金担保贷款、土地收益保证贷款、林权抵押贷款、农业机械抵押贷款和农村住房及宅基地抵押贷款等，最大程度地满足农村地区的多元化信贷需求，全方位提高农业中小企业、农村经济组织、种植养殖大户的融资能力和融资规模。
多从土地流转上做文章。农村金融产品创新必须首先突破农村资产质押问题，关键是制度创新，农村土地经营权的价值如何转变为可以用价格度量的资产，需要在制度层面加以确立。要积极推动土地经营权、宅基地使用权的确权、颁证、登记、流转等基础性工作，探索开展“三权”抵押试点。要建立土地登记制度，促进土地的资源配置，使土地成为农户个人的获利资本。通过农业企业或农村合作组织，将土地转包或以土地经营权入股实现规模经营。可以通过转让价格确立土地经营权价值，从而实现经营权向资本的转化。
完善农村金融保障体系建设。建立完善农业担保等中介体系，培育和发展县域农业担保、评估、公证等中介机构，建立健全农业经营风险分摊机制。大力发展农业保险业务，鼓励商业性保险机构开拓农村保险市场，支持发展农村互助合作保险，加快发展政策性农业保险，加大财政对农村保费补贴力度，提高农村、农业抵御风险能力。建立农业贷款风险补偿机制，建立财政风险补偿基金，对由于自然风险和市场风险等原因形成的农村中小企业贷款、农业贷款损失给予一定的补偿，对涉农企业和农户贷款实行贴息，对涉农贷款发放较好的金融机构给予奖励，充分发挥财政资金对金融资源的撬动和引导作用。继续优化农村金融生态环境。深入推进农村金融生态环境建设，加快涉农金融机构农户信用档案电子化建设，积极推广信用农户、信用企业、信用乡镇、信用县建设，加大对恶意逃废银行债务的打击力度，营造良好的农村金融生态环境。
