在中国，关于转基因水稻、玉米、大豆等作物的商业化与否的争论正在愈演愈烈。1月29日，农业部办公厅以“农办科〔2014〕4号”发布了《2014年农业科技教育与环保能源工作要点》，其中提出：继续坚定不移地推进转基因重大专项深入实施，加快转基因优质棉、抗虫及抗旱玉米、抗除草剂大豆、高品质奶牛等重大新品种培育，推动产品研发、安全评价与品种审定有机衔接。引导骨干种子企业参与实施转基因生物新品种培育重大专项，承担生物育种能力建设和产业化专项任务。
在中国农科院玉米专家佟屏亚看来，转基因品种的商业化实际上已经在一些人士的支持下“缓慢潜行”。
不过，农业部内部对是否推动商业化仍有不同意见。一位接近农业部种子局的人士表示，目前仍然不会做转基因种子的品种审定——这是商业化之前的最后一步。
角力品种审定
多位专家向记者介绍，在我国，一个品种的种子在推向市场的最后一步就是品种审定，转基因品种在获得生产性安全证书后，商业化之前的最后一步就是品种审定。
所谓品种审定，即在国内不同地区，对某一作物品种进行丰产性、稳产性、适应性、抗逆性和品质以及特异性、一致性和稳定性等进行测试，并进行DNA指纹检测、转基因检测。只有在这些指标上表现良好的种子才能最终通过审定。种子审定的初衷是为了避免不良种子导致农民受损。
2013年10月，在华中农业大学举办黄金大米试吃活动时，中国科学院院士、植物遗传和分子生物学家、华中农业大学教授张启发曾表示，转基因水稻无法进行商业化推广的原因之一是至今尚无相关的品种审定办法，并称相关部门甚至从未和他们沟通、研讨过如何审定。
而这份出自农业部科教司的“农办科〔2014〕4号”文中提出：继续坚定不移地推进转基因重大专项深入实施，推动产品研发、安全评价与品种审定有机衔接。
对此，一位接近农业部种子局的人士表示，“如果没有允许商业化，我们不会给他们做实验和进行品种审定。”他表示，商业化只能是国务院或者全国人大来批准。“现在最多只能是研究相关的品种审定方法。” 这位人士表示，在转基因这个问题上，农业部承受的压力太大了。
佟屏亚表示，对于转基因推广与否，农业部内部一直有不同意见，在研究和商业化推进上，农业部科教司扮演了重要角色，因为科教司掌握了大量的农业科研经费，有不同意见的人一般也不会公开表达。国家审计署从未公布过对该专项经费使用的审计。记者曾经致电国家审计署是否审计过转基因重大专项费用使用情况，未得到确切答复。
科教司力推
农业部科教司此次发文中还提出，“引导”骨干种子企业参与实施转基因生物新品种培育重大专项，承担生物育种能力建设和产业化专项任务。
在以前涉及到种子企业参与转基因育种研究的文件中，例如2012年底发布的《全国现代农作物种业发展规划》中提到，转基因生物新品种培育国家科技重大专项方面，“支持”有实力的种子企业创制一批目标性状突出、综合性状优良的突破性转基因新品种。佟屏亚认为，这一次的表述更加强化了推进商业化的意图。
中国农科院生物技术所所长黄大昉表示，这并不是第一次提出鼓励种子企业加入转基因育种研究。他介绍，2008年设立的转基因重大专项研究提出投入200亿元左右，“当时的想法就是国家出一半，企业出一半。”“事实上，很久之前种子企业就已经加入研究。我们做的研究，在田间实验阶段就有企业介入了。”
华中农业大学生命科学技术学院作物遗传改良国家重点实验室陈浩在带领记者参观实验基地时介绍，实验室只是进行转基因技术的研究，这种技术产生的种子除了含有转入的基因外，并不高产，要育出理想的种子，需要在接下来的实验中，进行专门的育种。而育种就要交给专业的育种机构。
这些专业育种机构并不排除企业。华中农业大学有自己的公司。张启发教授也曾经出任武汉科尼植物基因有限公司的首席执行官，该公司2005年注销，张也表示自己只是挂职。科尼公司曾委托湖北松滋种子公司制种。
黄大昉表示，基于推动转基因科研和未来商业化的考虑，企业应该参与。“国外公司的研究和转化能力都很强。我们如何把研究成果转化、推进产学研的结合，需要打破体制障碍，技术转让、技术入股都是可以选择的方式，也有其他的方式需要探索。”
黄大昉表示，现在也有一些具有研发实力的企业自己也做转基因育种研究。“大北农集团3年间投资数亿元从国外聘请了高端研发力量，发展很快。”据拜耳作物科学中国有限公司大中华区总经理叶大维介绍，大北农已经加入国际种子企业对于转基因技术的自律联盟。该联盟是拜耳、孟山都等跨国企业发起成立，对于转基因技术的实验、商业化和退市都制定了相关规定。不过，2013年12月，大北农集团国际业务负责人莫海龙被美国爱荷华州联邦法庭指控密谋窃取孟山都等美国公司研发的转基因玉米种子，并计划将这些种子送回中国。
去年12月底的新闻发布会上，对于转基因，陈锡文曾经表示在科学研究上必须努力赶上世界的前沿，对于商业化，他表示转基因育种必须经过极其严格的审核，只有确保不会产生任何副作用的时候才可以批准上市，并强调一定要标示、让消费者有充分的知情权。
