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LTQFT 系统中ECD和IRMPD裂解源可以得到和CID裂解源相补充的碎片离子，降低假阳性率和提高可信度，并可以从TopDown的方法进行蛋白质分析。这两种源也是翻译后修饰（PTM)未知肽序列测定（DeNovo）研究的重要工具。FinniganLTQFT还可用于如原料油中复杂混合物、分子量详尽的相关成分分析的艰巨任务。超强的精确质量数测定利用外标校准可达到好于2ppm的质量精确度高分辨率,适合混合物分析最大分辨率超过500,000(FWHM)