在使用之前，客户可以遵循以下三个基本原则来选择合适的溶剂溶解多肽。首先，所选溶剂一定能充分溶解多肽；其次，所选溶剂能与实验条件兼容；最后，所选溶剂不能与肽反应，也不能使肽降解。只要肽的量允许，可以先用少部分肽溶解，然后再将全部样品溶解。如果需要从溶剂中回收肽，可以选择一种初始溶剂使其在冻干后容易去除。
　　以下建议或许对您溶解肽有所帮助：
　　1. 少于5个氨基酸的肽一般溶于水溶液，强疏水的氨基酸（W，I，L，F，M，V，Y）除外。
　　2. 如果带电氨基酸平均分布于全部序列中，那么含有>25%带电氨基酸（E，D，K，R，H）的亲水肽和含有<25%疏水氨基酸的肽一般都能溶于水溶液。多肽的纯化系统一般为0.1%TFA/水和0.1%TFA/ ACN。因此，如果肽溶解在没有缓冲能力或者缓冲能力很弱的缓冲液中，结果可能导致肽溶液呈酸性。在使用别的方法溶解肽时务必使溶剂的pH值近乎中性。酸性肽（E+D残基数多于K+R+H残基数）和碱性肽（K+R+H残基数多于E+D残基数）在中性pH值条件下比在酸性pH值下更易于溶解。
　　3. 对于疏水氨基酸含量为50%～75%的肽，即使序列中含有>25%带电氨基酸也有可能不溶于水或者部分溶解。最好先把肽溶于最少量的强有机溶剂如DMF、ACN、异丙醇、乙醇、乙酸、4-8M GdnHCl、尿素，或者DMSO（序列中没有C，W，M时），及其它类似的有机溶剂中。最好将溶解肽的有机溶剂缓慢地逐滴加入水溶液中，如果溶液变浑浊，可能是达到了溶解极限，继续溶解就没什么用了。需要注意的是，最开始选择的溶剂应该与实验系统兼容。
　　4. 疏水氨基酸含量>75%的强疏水肽一般也不溶于水溶液。此类肽也应该先用强有机溶剂（如TFA，甲酸）溶解，如果将其加入到水溶液中也可能产生沉淀。最后的肽溶液可能需要高浓度的有机溶剂使之变性，而有机溶剂一般不用于活细胞的生物功能研究。
　　5. S，T，E，D，K，R，H，N，Q，Y含量高（>75%）的多肽序列容易形成多余的分子间氢键网络，在浓的水溶液中容易形成凝胶。此类肽可以用步骤3所述方法溶解。为了减少溶解中可能出现的问题，建议客户从设计上和序列上多加考虑，以改善肽的溶解度。

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