检测抗多肽反应是否发生的最简单方法就是抗多肽ELISA。有两种技术可以将多肽链接到ELISA板上。第一种方法就是直接将多肽链接到盘上。但如果链接氨基酸恰好是抗原决定簇的一部分，则抗体无法和多肽进一步链接，这样产生假阴性结果的可能性增加。第二种方法则是先将多肽与载体蛋白耦合，然后将多肽－蛋白耦合体链接到ELISA盘上。这种链接方法会使抗体－多肽的结合成功率提高，因为多肽不是直接嵌入盘膜，因而会更加暴露给抗体。这种方法因而更可靠，可重复性更高。需要注意的是，用于该方法的载体蛋白必须不同于用于免疫耦合的载体蛋白。这样会避免血清中抗载体蛋白反应所导致的高背景反应。

     当做血清检测时，另一点需要记住的是，由于免疫多肽与自然多肽结构上的差别，检测时的抗多肽反应与试剂的抗多肽反应可能是不同的。任何检测，尤其是测定滴定量以决定收获点时，必须包括针对天然状态下蛋白的检测。当然可以做针对天然状态下蛋白的ELISA；但由于血清在不同检测体系中表现会不一样，因此最好在血清被日常使用的体系中进行蛋白识别鉴定。如果血清将用于免疫沉淀反应，就应该进行针对该反应的检测。

 产生具有优良性能的抗体。订购定制的连接多肽，这样您可以增加抗原的免疫原性。如果多肽小于6KD，我们特别推荐做连接。半抗原载体连接选择包括：

·         keyhole limpet hemocyanin (KLH)

·         bovine serum albumin (BSA)

·         thyroglobulin (THY)

·         ovalbumin(OVA)

    此外，您可以选择多抗原多肽（MAP）连接,它提供一个有分支的赖氨酸核心可替代的多种构型的合成多肽。在决定使用MAP技术还是传统的载体蛋白做连接时，请注意下列指导：

·         半光氨酸会形成非特异二硫键。如果您关注二硫键的构型，使用KLH

·         如果这种多肽是一直被成功地用来生产抗体，效仿已经使用的方法。 

·         由于多肽通过C末端连接，而MAP技术有利于N末端或内部的多肽，不推荐使用在严格C末端连接的多肽上。连接载体也可能会导致一些空间障碍。使用KLH做C末端连接。 

·         由于在传统的C18 HPLC时，MAP多肽的性能更类似于大的蛋白，因而未提供纯化。 

长度
    合适的多肽长度有利于优质合成，大部分的多肽抗原要求长度范围在12－16个残基，而且相对容易合成。尽管9个残基或更短的多肽已经是有效的抗原，但是长于12到16氨基酸的多肽可能包含几个决定簇。超过20残基的多肽开始提出了更大的合成挑战。

疏水残基
    当设计多肽时，请注意诸如Ala,Cys,Ile,Leu,Met,Phe和Val类残基，它们会增加出现多肽可溶性问题的概率。注意保持疏水残基低于50％