不同氨基酸会形成不同的二级结构；延展的结构是为了给氨基酸侧链留下再大的自由空间，因此，那些有大量巨大侧链的氨基酸容易形成β折叠结构。这些氨基酸有：Tyr， Trp（有时Phe， Met）仅仅因为非常大， Val， Thr因为分支的β 碳是巨大而且非常占空间的；Cys在β 碳上有一个大的硫原子；β 碳是侧链上的第一个原子，因此巨大的侧链使主链非常拥挤。如果巨大基团在第二个碳上，如Leucine，则很少引起这种问题。

判断易形成α螺旋氨基酸的主要依据是氨基酸侧链包裹保护在螺旋核心的主链的氢键不被周围的水分子干扰：

容易形成α螺旋的有Ala， Leu， Met， Phe， Glu， Gln， His， Lys， Arg

下面列举的氨基酸有可以打乱二级结构形成的侧链，被叫做二级结构阻断者（Breaker）， 包括Gly， Pro， Asn， Asp， Ser：

在Gly中，侧链只是一个单一的氢原子，太小不能保护主链的氢键被周围的水分子影响。

Pro比较特殊因为它的侧链直接连于主链的N上，占据了形成氢键的位点。

在Asp， Asn， Ser中侧链在与附近主链N-H或C=O基团形成氢键的理想范围之内。因此实际上这些氨基酸并不是保护附近的氢键而是干扰它们。

一群Breaker会使该区域形成转角或环，因为干扰了周围氨基酸的正常二级结构而且形成二级结构环。

   现在有很多的资料和计算机软件可以提供氨基酸的分子量和形成各种结构的可能性，有些软件还可以根据给出的序列预测其二级结构。氨基酸之间形成的二级结构是相互作用影响的。比如只有几个易形成α螺旋的氨基酸分散在易形成β折叠的序列中，最后呈现出来的是β折叠结构. 在一条多肽中，如果连续6个或更多氨基酸的段中有60%的为易形成α螺旋的同时少于20%的Breaker，则很容易形成α螺旋；如果在5个以上氨基酸的段中有60%的容易形成β折叠而少于20% Breaker，则容易形成β折叠；2个或2个以上的breaker出现在4个氨基酸的段中则会导致转角或环