《通知》要求，市县财政部门要严格按照规定将土地出让收入足额缴入国库，不得隐瞒土地出让收入规模；要严格按规定口径从土地出让收益中计提两项资金，对于简单按照土地出让收入的一定比例计提两项资金的，要限期纠正。《通知》称，市县财政部门要严格按照规定分季计提两项资金和划转中央农田水利建设资金，不得按半年一次或拖延到年底一次性计提和划转。对于计提的农田水利建设资金要严格按20%比例，将中央农田水利建设资金及时足额划转中央国库，不得在财政专户或地方国库滞留和占压。
现行财税体制下，土地出让收入是地方财政收入的主要来源，但这一块收入有相当比例要计提为农田水利等专项基金。根据财政部公布，2013年全年，地方政府性基金收入(本级)48007亿元，增长40.3%。主要是土地出让合同成交价款增加较多，国有土地使用权出让收入4.125万亿元，比上年增长44.6%。
